女神异闻录3漫画，因事故而失去双亲的有里凑，因为家庭原因转校到“私立月光馆学园”的高中部。在入住学生宿舍后不久，他就被奇形怪状的怪物Shadow袭击，令隐藏在他体内Persona的能力觉醒。因为这个契机，有里凑被迫得知这个被掩盖的世界真实的一端，那就是“影时间”。在月光馆学园理事长几月修司领导下，少年少女们组成了“特别课外活动部”！